Pracujący dla Cerberusa Shepard dostaje zlecenie zbadania placówki naukowej, z którą utracono kontakt. Jedynym ocalałym w kompleksie okazuje się doświadczony naukowiec, który informuje Sheparda, że bazę opanowała wroga sztuczna inteligencja połączona z ludzką świadomością. Hybryda aktywowała systemy obronne i przejęła kontrolę nad trzeba placówkami Cerberusa. Shepard postanawia powstrzymać sztuczną inteligencję, zanim rozprzestrzeni się na kolejne układy.